Quel logiciel de facturation choisir pour un auto-entrepreneur ? Comparatif 2026

En auto-entreprise vos obligations comptables et fiscales sont simplifiées : vous n’avez aucune obligation de recourir à un expert-comptable. De nombreux outils de comptabilité en ligne existent aujourd’hui pour simplifier le quotidien des auto-entrepreneurs. Pilotage en ligne de l’activité, gestion des notes de frais, télétransmission des déclarations…les fonctionnalités sont nombreuses ! Concernant la facturation, les outils ne sont également pas en reste : modèle de devis, envoi de factures, calcul de la TVA… Quels sont les meilleurs logiciels de facturation existant en 2026 pour les auto-entrepreneurs ? Quelles fonctionnalités sont proposées ? À quel prix ? Voici un comparatif des différentes offres.

Comparatif des meilleurs logiciels de facturation pour les auto-entrepreneurs

La facturation est une étape redoutée par beaucoup d’auto-entrepreneurs, aussi appelée micro-entrepreneurs. De nombreux logiciels existent aujourd’hui pour accompagner les auto-entrepreneurs dans leur facturation. La première question afin de trouver le meilleur logiciel de facturation est : de quoi avez-vous besoin ? D’un logiciel proposant uniquement des fonctionnalités de facturation ? D’un accompagnement plus général pour faire votre comptabilité en ligne ? D’une offre gratuite ? D’un tableau de bord pour piloter votre entreprise au jour le jour ? Nous vous accompagnons dans le choix de la solution le plus adapté à votre situation avec ce comparatif des logiciels de comptabilité en ligne !

1 – Indy, le logiciel français tout-en-un des auto-entrepreneurs

Indy, c’est un logiciel de comptabilité en ligne made in France… mais pas seulement. Notre logiciel propose aujourd’hui plusieurs modules complets : comptabilité, facturation, compte pro… Pourquoi choisir Indy ? Nous proposons une offre 100% gratuite pour les auto-entrepreneurs et sans conditions d’engagement. Notre offre comprend :

• la catégorisation intelligente de vos transactions bancaires ;
• la création et la personnalisation de toutes vos factures et devis, en quelques clics ;
• l’auto-détection de la TVA ;
• le pilotage de votre activité via des tableaux de bord ;
• le suivi de vos dépassements de seuils de chiffre d’affaires ;
• l’ouverture et la gestion d’un compte pro gratuit ;
• un service client réactif et disponible.

Zoom sur la facturation avec Indy :

Création simple et rapide de vos devis et factures. Ils sont personnalisables à votre image.

Il vous est également possible de transformer vos devis en facture ;

Vous pouvez créer des factures d’acomptes ;

Vous disposez d’un onglet clients dédié qui centralise coordonnées et informations de paiement. 

Vos factures contiennent toutes les mentions légales obligatoires.

🤩 Bon à savoir : toutes les fonctionnalités gratuites proposées par Indy le sont à 100% et ce sans restriction de durée. Il n’y a aucune limite dans l’offre gratuite quant à votre nombre de factures, de notes de frais ou encore de transactions. Toute inscription est sans engagement.

2 – Abby, un logiciel complet pour la gestion d’entreprise

Abby est un logiciel de gestion d’entreprise qui propose des fonctionnalités de facturation, de comptabilité et de pilotage. Les gammes de fonctionnalités sont assez complètes, notamment en termes de facturation.

🆓 Les fonctionnalités de facturation comprises dans l’offre Basique, gratuite, sont :

• la création de vos devis et de vos factures conformément aux règles en vigueur ;
• la personnalisation basique de vos documents ;
• le paiement en ligne pour vos clients ;
• le pilotage de votre activité via un tableau de bord ;
• support basique d’accompagnement.

Parmi les fonctionnalités gratuites hors facturation, sont incluses dans la version gratuite : votre livre des recettes et des achats ainsi que l’estimation de votre chiffre d’affaires et vos cotisations Urssaf.

💶 Pour davantage de fonctionnalités, il vous faut ensuite passer aux offres payantes, Start, Pro ou Business :

• personnalisation complète de vos devis et factures (offre Start à 9€ par mois) ;
• possibilité de retirer le logo Abby de vos devis et factures (offre Start à 9€ par mois) ;
• gérer la facturation avec acompte (offre Start à 9€ par mois) ;
• automatisation de la gestion de vos factures récurrentes (offre Pro à 15€ par mois) ;
• envoi de relance à vos clients avant les échéances (offre Pro à 15€ par mois).

3 – Henrri, un logiciel gratuit 100% facturation

Henrri est un logiciel de facturation entièrement gratuit proposant des fonctionnalités de facturation poussées pour toutes les moyennes et petites entreprises (TPE et PME). Sur le logiciel Henrri vous pourrez par exemple :

• créer vos factures, vos devis et vos avoirs en illimité ;
• personnaliser vos documents ;
• automatiser vos factures récurrentes ;
• avoir recours au paiement en ligne ;
• relancer vos factures impayées ;
• calculer le prix de revient par article/taux de marge ;
• support technique ;
• …etc

🔎 À savoir : le logiciel Henrri est une solution de facturation pure ! Il ne propose pas aux auto-entrepreneurs une gestion de votre comptabilité simplifiée, en autonomie.

4 – Portail auto-entrepreneur, un logiciel 100% facturation

Portail auto-entrepreneur est un logiciel de facturation permettant de gérer votre activité. Sur ce logiciel vous pourrez :

• trouver des modèles de factures à personnaliser ;
• gérer votre activité par le biais d’un tableau de bord ;
• envoyer vos factures par mail ;
• intégrer la TVA, les frais de débours et les acomptes à vos factures ;
• créer une page internet sur votre auto-entreprise par le biais de Portail auto-entrepreneur ;
• …etc.

Le tarif pour avoir accès au module de gestion et de facturation du portail auto-entrepreneurs est cependant de 19,90€ par mois. Cet abonnement est sans engagement. Les fonctionnalités de facturation sont donc nombreuses et très pratiques pour un auto-entrepreneur. Toutefois si vous avez besoin d’un compte pro ou autre il vous faudra vous tourner vers un second outil complémentaire.

🤔 À noter : l’option d’accompagnement par un conseiller n’est proposée qu’à partir de l’abonnement à 24,90€ (contact direct par mail et téléphone, aide à la déclaration du chiffre d’affaires et informations sur vos obligations et les aides disponibles).

5- MyAE, un logiciel de facturation spécialisée dans la micro-entreprise

MyAE est un logiciel de facturation qui propose plusieurs offres aux auto-entrepreneurs : Standard à 0€, Starter à 3,9€ et Premium à 8,90€ par mois. L’abonnement Standard gratuit propose :

• la réalisation en illimité de vos devis et factures ;
• la personnalisation de vos documents comptables et emails ;
• la gestion de vos relances ;
• des indicateurs de chiffre d’affaires.

🟠 Aucun support technique n’est toutefois prévu dans l’offre gratuite en cas de question ou de problème. De plus, la plateforme contient des publicités pour les offres gratuites et Starter.

De nombreux autres logiciels de facturation existent aujourd’hui pour les micro-entrepreneurs. Nous pensons également à MicroDesk, Magniv Pro, Sinao Auto-Entrepreneur, Freebe, Tiime, MyFacturation, EBP, ou encore Evoliz.

Les obligations en termes de facturation pour les auto-entrepreneurs

Quelles obligations légales pour un auto-entrepreneur ?

En auto-entreprise vous bénéficiez d’une comptabilité simplifiée en étant assimilé au régime micro-fiscal et micro-social. Certaines obligations vont toutefois vous incomber, qui seront moindre comparées à celles d’une entreprise individuelle ou d’une société (SARL, EURL, SAS, SASU). Les obligations comptables des auto-entrepreneurs comprennent :

• la déclaration de votre chiffre d’affaires mensuellement ou trimestriellement (sur option) auprès de l’Urssaf ;
• la tenue d’un livre de recette ;
• l’établissement de factures conformément aux obligations légales ;
• l’ouverture d’un compte bancaire dédié à votre activité lorsque vous dépassez 10 000€ de chiffre d’affaires annuel pendant 2 années consécutives ;
• la conservation pendant au minimum 10 ans de vos justificatifs.

Les mentions obligatoires d’une facture

Revenons quelques instants sur l’obligation d’établir des factures conformes. En tant que micro-entrepreneur vous êtes soumis à une obligation de remettre une facture à vos clients pour toute vente de produits ou prestation de services. Cette obligation vous concerne donc que vous soyez auto-entrepreneur en BIC (bénéfices industriels et commerciaux) ou en BNC (bénéfices non commerciaux c’est-à-dire les activités libérales, de prestation de services…).

De nombreuses mentions doivent obligatoirement être inscrites sur vos notes ou factures ! Par exemple si vous êtes en franchise en base, une ligne indiquant votre exonération de TVA doit obligatoirement apparaître. Vos tarifs doivent également être inscrits hors taxe (HT) et toutes taxes comprises (TTC).

📝 Vous pouvez retrouver toute la liste des mentions légales à jour à inscrire sans faute dans vos factures à un particulier ou à un professionnel sur le site du Service Public : je consulte la liste ici.

Le risque en cas de non-respect des obligations de facturation

Si vous ne respectez pas les différentes obligations légales en termes de facturation (création d’une facture, précisions légales, conservation de vos documents) vous risquez de devoir payer des amendes. Faire votre facturation tout seul peut être risqué si vous ne vous tenez pas à jour des dernières nouveautés légales. En effet, l’administration fiscale peut vous sanctionner à hauteur de :

• 75 000€ d’amende lorsque vous êtes une personne physique ;
• 150 000€ d’amende si vous réitérez ce manquement dans les 2 ans qui suivent.

Les avantages de passer par un logiciel de facturation

En France, aucune loi n’oblige les professionnels à recourir à un logiciel de facturation. Cela vaut pour tous les statuts juridiques : les auto-entrepreneurs, les entrepreneurs individuels ainsi que pour tous les entrepreneurs en société. Néanmoins passer par un logiciel de facturation gratuit ou payant confère de nombreux avantages :

1️⃣ Une réduction des erreurs

Tout auto-entrepreneur n’est pas forcément un professionnel des mathématiques 🤓 Si vous achetez un produit qui coûte 20 euros TTC avec un taux de TVA de 5,5%, savez-vous calculer le montant de la TVA ? La réponse : 1,04€. Le calcul vous donne mal à la tête ? Accompagnez-vous d’un logiciel de facturation ! Fini les calculs et les estimations : ils seront réalisés automatiquement. Faire appel à une aide externe va vous permettre de réduire les erreurs potentielles. Des erreurs sont fréquentes à la main que ce soit au niveau de certains calculs mais aussi au niveau des mentions obligatoires dans une facture. Une erreur est si vite arrivée !

2️⃣ Un gain de temps

Faire appel à un logiciel de facturation va vous permettre de gagner du temps et d’éviter les tâches chronophages qui vous incombent. Vous allez optimiser votre temps en créant vos devis et factures à partir de modèles existants. Ensuite, une fois les informations de vos clients enregistrées sur la plateforme, il vous suffira de les exporter pour votre prochain devis ou facture. Vous pouvez également transformer vos devis en facture directement sans devoir en recréer un de toutes pièces. En bref : l’automatisation de certaines tâches vous simplifiera votre quotidien ! Si vous êtes sur Indy, notre interface simple et intuitive vous permet de comprendre facilement son fonctionnement.

3️⃣ La sécurisation de vos données

Les plateformes de facturation pour auto-entrepreneurs proposent des interfaces sécurisées à leurs clients. Chez Indy par exemple, nos solutions en ligne sont 100% conformes à toutes les normes européennes de sécurité les plus récentes. Le but : que vous soyez protégé au maximum en termes de données personnelles et de données bancaires.

4️⃣ Une conservation optimale de vos documents

La durée de conservation légale de vos documents comptables est de 10 ans (comme indiqué ici). Mais qui n’a jamais perdu ses dossiers papiers au fil des années ? Utiliser une solution de facturation va vous permettre de conserver vos documents, au sein d’une plateforme sécurisée. Toutes vos factures sont digitalisées et centralisées au même endroit. Sur Indy par exemple vous pouvez également importer vos factures au format PDF existantes afin de pouvoir conserver l’entièreté de vos documents sur la plateforme.

Vous avez davantage de questions sur les logiciels de comptabilité pour auto-entrepreneurs avec TVA, ou encore sur les logiciels de comptabilité gratuits  ? N’hésitez pas à utiliser l’espace commentaire, nous vous répondrons avec plaisir ! 🤝